O biodigestor em si não exige manutenção periódica. Após o início da produção de biogás, a única atenção necessária é com o filtro de biogás (purificador), responsável por remover o gás sulfídrico (H₂S). A cada 200 m³ de biogás tratado, o filtro deve ser regenerado — não é preciso trocá-lo. Basta:

• 1.Abrir o filtro e espalhar o material em um piso de cimento, à sombra;
• 2. Deixar reagir com o oxigênio do ar por 2 a 3 dias; e 3. Recolocar o material no filtro e reconectar à linha de biogás. Esse processo garante o bom desempenho do sistema e evita corrosões nos equipamentos.