Pode, mas não é o mais indicado para o nosso modelo. O volume de dejetos humanos  geralmente é pequeno em relação à capacidade dos nossos biodigestores, a mistura com a água do vaso sanitário é desproporcional e existe o risco de introduzir antibactericidas no sistema, o que pode prejudicar a atividade das bactérias responsáveis pela produção do biogás e biofertilizante.