Durante o inverno, especialmente nos estados de São Paulo e da região Sul, as temperaturas mais baixas reduzem a atividade das bactérias dentro do biodigestor, o que impacta a produção de biogás. Nesses períodos, é recomendável reduzir a carga diária em pelo menos 30% da capacidade do sistema, para evitar acúmulo de material não digerido. Com o retorno das temperaturas amenas, a alimentação pode ser normalizada gradualmente.