Sim. Alimentar o biodigestor com uma carga menor do que a capacidade não causa danos  apenas resulta em menor produção de biogás e biofertilizante, já que os resíduos são o “combustível” das bactérias. Por outro lado, é altamente desaconselhado exceder a capacidade diária, pois isso sobrecarrega o sistema, prejudica a digestão e pode comprometer todo o funcionamento do biodigestor.