O kit-biodigestor pode ser instalado de duas formas: abaixo do solo, por meio de uma escavação nas dimensões do biodigestor; ou acima do solo, dentro de uma caixa de alvenaria construída sob medida. Além disso, é necessário construir duas caixas auxiliares: uma entrada para a mistura de água e dejetos; e uma saída para o biofertilizante. Com as estruturas prontas, o biodigestor é conectado à entrada e à saída;  e a instalação está concluída.