O biodigestor em si não exige manutenção periódica. Após o início da produção de biogás, a única atenção necessária é com o filtro de biogás (purificador), responsável por remover o gás sulfídrico (H₂S). A cada 200 m³ de biogás tratado, o filtro deve ser regenerado — não é preciso trocá-lo. Basta:
